消失8年，如今突然重出江湖的神秘怪盗——怪盗基德，引起了喜爱魔术表演的高中生黑羽快斗的注意，因为他父亲——世界知名魔术师黑羽盗一也是8年前去世的。快斗在阴差阳错之下，进入到父亲的密室，发现其中存放着与怪盗基德一模一样的服装…

阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名…

高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种…

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。\r\n但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被…

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。\r\n柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的…

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者…

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事…