工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约…

讲述发生在京都的电影剧组拍摄中发生的凶杀案

根据青山刚昌著名原作推理漫画《名侦探柯南》改编。

故事讲述柯南偶然吃了一块蛋糕，蛋糕中的成分使他暂时变回了新一的内容。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，…

柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长…

爱好推理的高中生工藤新一和其青梅竹马毛利兰一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎在一…