沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查…

1957年某晚，居住在美国加州莫哈维沙漠小镇中的天文学家泰德刘易斯博士（艾瑞克麦柯马克 Eric McGormack 饰）正为爱妻拉娜（乔蒂搠湬森 Jody Thompson 饰）准备结婚周年纪念的烧烤晚餐，突然发现一颗流星从天而降坠毁在不远处的小山坡上…