主人公彻斯是个无论面对任何困难都能勇敢面对的少年。为了找寻下落不明的父亲杰雷迪博士，彻斯与伙伴们一同踏上了冒险的旅程。那天，彻斯一行得到了由杰雷迪博士开发的名为“核”的装置。然而，这其中追踪并狙击他们的军事组织“STORM”…

横滨市未来区的港区，一直延续著历代光之美少女在此地初次联手，打败谜之敌人“融合”的佳话。憧憬著光之美少女的市民们，无一不为这个话题而兴奋；但对刚刚转校、没有朋友的坂上步来说，她无法融入大家一起分享这份喜悦。就在这时，步在…

因为6年前的革命而失去一切的原皇子卡鲁艾露，和自己喜欢的少女克雷亚一起前往空中的岛屿ISURA。然而他却不知道克雷亚的真实身份竟是被称为"革命的旗印"的少女——也是自己的杀父仇人尼娜。他们在途中遇到了来自天空一族的袭击…