生活在京都的天童纯是个不太有自信的十五岁男孩。父亲七年前死于事故，此后纯一直和母亲两个人过日子。这天，纯在放学回家的路上被神秘魔物追赶，危急之中逃入一所古寺，僧人源云救了他。谁知纯就此被带往时空的彼方…… 恢复意识的纯发…

故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中，工藤不幸迫降在南海的一…

1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号…