距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉 饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一直持续下去，雫丘的上空突然出现了谜…

本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。　　同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。rn

魔爪伸向了M78星云·光之国！受到了不知是谁的攻击，被铭刻在脉搏上的“新生代奥特曼”的记忆丢失了。接受了“对奥特曼羁绊的挑战”的光之国，又一讯息到来了。那是新的光之道具“次元格斗仪”，上面托付了未来人的信息。为了找回丢失的…

工藤优幸作为民间警备组织E.G.I.S.的一员，有着变身为泰迦、泰塔斯、风真的能力。经过与无数敌人的战斗，工藤优幸和泰迦、泰塔斯、风真之间的羁绊更加深厚。但是，他们却被邪恶势力瞄准。知道这件事后，新生代的奥特曼战士们为了拯救他们…

在昏暗的房间内，一位大学生（村井良大 饰）从昏迷中醒来。他走出房间，在这栋陌生的建筑中又遇到了夜总会女孩（武田梨奈 饰）和报社记者（秋山真太郎 饰）。他们结伴寻找出口，结果发现所有的地方都被堵死，根本无路可逃。不久他们被告…

特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：U…

和平的岁月稍纵即逝，在银河奥特曼与维克特利奥特曼击败维克特路基艾尔的一年后，神秘的时空城突然在地球上空出现。超时空魔神艾塔尔迦和异世界女战士阿蕾娜夸下海口，要用手中的魔镜封印所有的奥特战士。而此时，迪迦奥特曼、戴拿奥特曼…

路基艾尔、埃塔尔加等曾经的奥特战士宿敌接连苏醒，神秘的黑暗奥特战士也相继登场。新生代英雄们遭遇了不测，是谁在背后操纵着这一切？