为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大门界人，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激…