《少年黄飞鸿》讲述了在清朝道光年间，少年时代聪明绝顶、机智过人调皮捣蛋的黄飞鸿，与一帮伙伴，锄强扶弱，与黑恶势力作斗争，并最终成为一代宗师的故事。

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚后，本以为可卸下宝芝林传人及一代宗师的虚名，怎料经过此役，佛山居民视他有若神明，更有各地民众蜂拥而来，欲一睹鸿之风采，令鸿不胜其烦。某日，广州有人来邀请黄飞鸿及徒弟等人前赴广州为粤北山区…

晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为…

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不…

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不…

黄飞鸿也会做糗事：听信弟子梁宽及牙擦苏，他竟把宝芝林搬到了妓院旁边。但这令他的众弟子喜上眉梢。妓院老板黄狮虎将黄飞鸿视作偶像，一心想拜他为师，却不被理会，其妹妹等妓女更是被他敬而远之。清廷命官雷一笑实是义和团余孽，他勾结…

武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞·特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的…

清朝同治年间，古老的帝国行将就木，重要通商口岸广州珠江口正沐浴在最后的繁荣和血腥搏杀中。码头上黑虎帮和北海帮为非作歹，杀伐不断，而底层劳工饱受欺凌，朝不保夕。自幼习武的阿飞黄飞鸿（彭于晏饰）在黑虎帮混迹五六年，他以死士身…