《辛巴达 飞翔公主与秘密之岛》是日本动画公司成立40周年的纪念作品，以世界著名的故事集《一千零一夜》中辛巴达的故事为基础进行改编。

一个是热海航海的少年辛巴达，一个是从天儿降的魔法族公主萨娜。他们在一场奇特的相遇过后，便相约搭乘布扎克船长率领的巴哈尔号，踏上更为惊奇的冒险之旅……前方等待他们的将是一个他们前所未见的世界：留有魔法族神秘灯的小岛上，可以…

辛巴的女儿琪拉雅调皮好动，喜欢到处奔跑，受辛巴所托看护她的彭彭和丁满实在无计可施。在另一处，刀疤的余党吉娜意图把儿子高孚训练成刀疤的接班人，并蓄谋一场复仇之战， 篡夺荣耀国的统治权。好奇的琪拉雅偷偷去森林外冒险遇到高孚，…

在这个希腊和阿拉伯民间的传说故事中，我们的航海家和经验丰盛的水手们再一次开始了探寻宝藏的旅程......

在这片不可思议的大陆上，出现了沉眠着秘宝的神秘遗迹──“迷宫”。少年阿拉丁在旅行世界各地的途中，邂逅了阿里巴巴，两人为了寻求秘宝，共同以攻略“迷宫”为目标。反覆经历了各式各样的相遇与别离，阿拉丁将得知自身的宿命......マ…

为了庆祝阿拉丁等人从撒共凯旋归来并击退敌人，辛德利亚举办了盛大的庆典。白龙决定回煌帝国，而阿拉丁则在见到受苦的朵妮雅心中的景象后，决定再次踏上旅程。听到阿拉丁要独自去旅行，阿里巴巴内心大为震惊。而在阿拉丁、阿里巴巴、摩儿…

辛巴自幼失去了父母，沦为孤儿。受生活所迫，辛巴不得不在街头流氓大哥的教导之下成为了一名扒手。在年幼的辛巴心目中，看似无所不能的流氓大哥就是这个世界的神。一起行窃的过程中，辛巴和流氓大哥被警察抓住了，看着流氓大哥在警察面前…

在前集《辛巴达历险记2013》结尾，辛巴达、阿拉丁和艾露露成功地完成了独眼巨人城堡的冒险，得到了一盏奇妙的神灯。眼看大家就要实现各自的美好愿望了。但是从神灯里出来的神灯精灵却鬼使神差的遭遇了失忆，使用魔法来给三人实现愿望的计…