1274年，秋。　　一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。　　之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流…

有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种…