射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的驱使下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政。知晓前因后果的光政将女神带回…

在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野…

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

极乐净土篇讲的主要是星矢等人在通过叹息之墙后，到达极乐净土的故事。极乐净土据说是只有生前心灵纯洁的人，在死后才能到达的地方。冥王哈迪斯的真身便藏在此处，雅典娜也被困于此。在极乐净土篇中星矢等人将再次创造奇迹，救出雅典娜，…

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等…

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

当世界遍布邪恶之时，必定会出现希望的斗士—圣斗士。很久以前，由数位少年来保护雅典娜女神，他们被称为“雅典娜的圣斗士”，用他们的身体作为武器，他们的拳头能划破长空，他们的腿能把大地分割开。而现在，拥有信念、勇气和力量的少年…

战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗…