在森林的入口，“雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40…

在地下深处，存在一个美丽的国家“钻石矿国”，有“宝石宝可梦”之称的小碎钻们在这里和平生活。存在于这个国家的巨大钻石“圣洁钻石”，长期以来作为重要的能量源泉，一直发挥着维持矿国一切活动的作用，但如今它的生命即将耗尽。这样下…

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。\n\n索罗亚还…

小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树…

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。

南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，…

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺…

　　《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则…