Keroro剧场版5周年纪念，《超剧场版Keroro军曹 诞生！究极Keroro 奇迹的时空岛》即将启动！在Keroro最新剧场版中，将有阳光海滩、可爱的精灵，神秘的双胞胎和最凶邪灵登场，Keroro军曹将变身究极形态展开前所未有的超级大战。实力派歌手…

某个优闲的日子里，冬树与Keroro小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女…

谜一般的Meru王子和他的随从Maru在一次海难中出现。某天，他决定迎聚一位公主，而他所锁定的目标居然是夏美，甚至还掳走了她。Keroro等人于是展开“救出夏美大作战”。另一方面，夏美受到Meru王子的高度礼遇，居住在借由她的记忆所投射出…

该作讲述了来自Gamma星云第58号行星的宇宙侵略军特殊先遣工作部Keroro，为了给征服地球做准备而潜入了日向家，结果因行迹败露被日向冬树和日向夏美发现并生擒。