一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来…

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术…

朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败…

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年…

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。\n今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的…

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，…

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。\n就在同一天，江户川柯南、毛…

时间设定在明治时期的新撰组。组员中的3个人都是女孩——性格大跳、男孩子气、无厘头却有着悲伤往事的组长近藤勇子；为了讨伐父亲的敌人：山县有朋而秘密加入新撰组的土方岁绘；性格外向，会使阴阳术和耍二刀流的高手冲田熏。OVA剧情：唯…