科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为奥特曼的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，…

由于大彗星接近地球，导致地壳产生剧烈变动，使得残存于地底下的恐龙族群再度出现于地表之上。但是不稳定的气候突变与充满野心的盗猎者，却让这些重见天日的恐龙们再度面临灭绝的处境；为了保护这些野生的恐龙，“国际自然保护联盟”特地…